Atendendo ao desejo da comunidade cruzaltense, fundou-se, no dia 10 de março de 1914, o Colégio Franciscano Santíssima Trindade, com a vinda das Irmãs Franciscanas da Penitência e Caridade Cristã, que já atuavam em Santa Maria, RS. As aulas iniciaram-se em 15 de abril.
Ministrava-se o ensino elementar (7 anos) para meninas, bem como curso de música, trabalhos manuais, desenho, línguas e catecismo.
Em 1930, iniciou-se o Curso Complementar para formação de professores primários.
O Colégio seguiu adaptando-se às novas exigências legais quanto à educação: curso ginasial; curso normal em substituição ao complementar; curso técnico de comércio, mais tarde doado a professores leigos e autoridades locais; Instituto Musical Josino dos Santos Lima; Escola Madre Madalena para estágio das normalistas da escola.
Ao longo do tempo, foram adquiridos terrenos e construídos prédios que, atualmente, compreendem a área de funcionamento do Colégio, situado na parte setentrional da cidade, ocupando ¾ de um quarteirão. Faz parte também do patrimônio do Colégio uma chácara próxima à zona urbana que hoje constitui o Parque Franciscano STS.
Para atender aos objetivos educacionais, aprimoram-se continuamente setores e recursos da escola, adequados à faixa etária dos alunos, ao nível de ensino e ao gerenciamento eficiente das atividades do colégio. Somam-se para enriquecer a missão e as metas do Santíssima diversos ambientes como: praças infantis; bibliotecas; ginásios de esportes; salão multimídia; laboratórios de Informática, Ciências e Alfabetização; Parque Franciscano STS; salas especializadas como espaço ludopedagógico, sala de estimulação psicomotora, sala da lousa educacional interativa, entre outras.
Não se poderia deixar de citar a Capela, edificada no centro do Colégio, simbolizando a imagem da espiritualidade na proposta franciscana de educar – o “coração do Colégio”. Sob as bênçãos de Deus e irradiando energias para todo o ambiente escolar, a Capela recebe alunos, professores, funcionários, pais e a todos que a ela se ligam afetivamente, para o indispensável encontro com Deus. É como um farol aceso há cem anos para estimular, apoiar, incentivar caminhos, acompanhar o progresso, mas sem descuidar dos valores perenes da humanidade cristã, apontados por Francisco de Assis e Madre Madalena Damen, fundadora da Congregação das Irmãs Franciscanas da Penitência e Caridade Cristã.
Atividades opcionais, como música e esportes, situam-se também como preocupação do Colégio em proporcionar aos alunos atividades complementares conforme preferências e habilidades individuais.
Durante esse período de mais de 100 anos, o Colégio desenvolveu-se, cresceu, modificou-se fisicamente, acompanhou diversas mudanças vividas pela sociedade e consolidou-se com sua proposta franciscana de educar, com a presença constante das Irmãs Franciscanas que, no tempo presente, conservam o mesmo vigor e responsabilidade das irmãs pioneiras.
Atualmente o Colégio oferece Educação Infantil, Ensino Fundamental e Médio.